El general le salió al encuentro dispuesto a defenderse a tiros pero cayó herido por un certero disparo y, una vez en el piso, la partida montonera lo ultimó a puñaladas.
Sus restos descansan desde agosto de 1872 en la Catedral de Concepción del Uruguay. Su recuerdo y su paso por la historia siguen despertando polémicas entre quienes ven en él a un libertador que puso fin al régimen rosista y al gran impulsor de la organización constitucional del país y entre quienes lo consideran un traidor a la causa federal.
El 12 de abril de 1863, siendo gobernador de la provincia de Entre Ríos, ofició el acto de la colocación de la piedra fundacional de la primera escuela de la ciudad, fecha que se toma institucionalmente como la fundación de Colón.